ARTIGOS

Você está em - Home - Artigos - Descoberta de espectrometria de massa e monitoramento de reação selectiva (SRM) de candidatos proteína putativa de biomarcadores no primeiro trimestre Trissomia 21 soro materno.

Descoberta de espectrometria de massa e monitoramento de reação selectiva (SRM) de candidatos proteína putativa de biomarcadores no primeiro trimestre Trissomia 21 soro materno.

O diagnóstico preciso da Trissomia 21 requer procedimentos invasivos que carregam um risco de aborto. Os atuais state-of-the-art maternas testes de triagem soro medir os níveis de PAPP-A, bhCG livre, AFP, e UE3 em várias combinações com uma sensibilidade máxima de 60-75% e uma taxa de falsos positivos de 5%. Há atualmente uma necessidade não atendida de testes de triagem não-invasivos com alta seletividade que podem detectar a gravidez em risco, de preferência dentro do primeiro trimestre. O objetivo deste estudo foi aplicar proteômica e técnicas de espectrometria de massa para a descoberta de novos biomarcadores putativos para Trissomia 21 no soro materno no primeiro trimestre juntamente com o desenvolvimento imediato de monitoramento de reação selectiva quantitativa (SRM) ensaios. Os resultados do fluxo de trabalho novela foram 2 vezes: (1) que identificou uma lista de proteínas diferencialmente expressas na trissomia do 21 amostras vs normal, incluindo PAPP-A, e (2) foi desenvolvido um multiplex, ensaio SRM de alto rendimento para a verificação de 12 novos marcadores putativos identificados nas experiências de descoberta. Para diminuir a lista inicial grande de candidatos diferencialmente expressos resultantes das experiências de descoberta, nós incorporamos Receiver Operating Characteristic algoritmos (ROC) no início do processo de análise de dados. Acreditamos que esta abordagem proporciona uma vantagem substancial em lidar com os dados grandes e complexos normalmente obtidos a partir de experiências de descoberta. O fluxo de trabalho eficiente extraído as informações derivadas de dados de alta resolução LC-MS/MS descoberta para a construção contínua de ensaios rápidos, alvo que foram realizadas no soro não fracionada digere. O limite de ensaio SRM inferior de detecção (LLOD) para os péptidos alvo em um fundo de digerido matriz de soro era de aproximadamente 250-500 attomoles sobre coluna e do limite de quantificação exacta (LOQ) foi de aproximadamente 1-5 femtomoles sobre coluna. O erro de ensaio, conforme determinado pelo coeficiente de variação em LOQ e acima variou de 0 a 16%. O fluxo de trabalho desenvolvido neste estudo preenche a lacuna entre a descoberta de biomarcadores de proteômica e tradução em um ambiente de pesquisa clínica. Especificamente, para Trissomia 21, o ensaio descrito multiplexados SRM fornece um veículo para o alto rendimento verificação destes, e potencialmente outros candidatos peptídicos em coortes de amostras maiores.

Fonte: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20499897

VEJA TAMBÉM:



Texto Original

The accurate diagnosis of Trisomy 21 requires invasive procedures that carry a risk of miscarriage.The current state-of-the-art maternal serum screening tests measure levels of PAPP-A, free bhCG, AFP, and uE3 in various combinations with a maximum sensitivity of 60-75% and a false positive rate of 5%.There is currently an unmet need for noninvasive screening tests with high selectivity that can detect pregnancies at risk, preferably within the first trimester.The aim of this study was to apply proteomics and mass spectrometry techniques for the discovery of new putative biomarkers for Trisomy 21 in first trimester maternal serum coupled with the immediate development of quantitative selective reaction monitoring (SRM) assays.
The aim of this study was to apply proteomics and mass spectrometry techniques for the discovery of new putative biomarkers for Trisomy 21 in first trimester maternal serum coupled with the immediate development of quantitative selective reaction monitoring (SRM) assays.The results of the novel workflow were 2-fold: (1) we identified a list of differentially expressed proteins in Trisomy 21 vs Normal samples, including PAPP-A, and (2) we developed a multiplexed, high-throughput SRM assay for verification of 12 new putative markers identified in the discovery experiments.To narrow down the initial large list of differentially expressed candidates resulting from the discovery experiments, we incorporated receiver operating characteristic (ROC) curve algorithms early in the data analysis process.We believe this approach provides a substantial advantage in sifting through the large and complex data typically obtained from discovery experiments.
The workflow efficiently mined information derived from high-resolution LC-MS/MS discovery data for the seamless construction of rapid, targeted assays that were performed on unfractionated serum digests.The SRM assay lower limit of detection (LLOD) for the target peptides in a background of digested serum matrix was approximately 250-500 attomoles on column and the limit of accurate quantitation (LOQ) was approximately 1-5 femtomoles on column.The assay error as determined by coefficient of variation at LOQ and above ranged from 0 to 16%.The workflow developed in this study bridges the gap between proteomic biomarker discovery and translation into a clinical research environment.Specifically, for Trisomy 21, the described multiplexed SRM assay provides a vehicle for high-throughput verification of these, and potentially other, peptide candidates on larger sample cohorts.

VEJA TAMBÉM: